要减少ISO9001认证审核中的不合格项，可以采取以下措施：

1. 加强内部培训：定期对员工进行ISO9001标准和质量管理体系的培训，确保他们理解并能够正确执行相关程序和要求。

2. 完善文件和记录管理：建立健全的文件和记录管理系统，确保所有质量管理体系文件和记录的准确性、完整性和可追溯性。

3. 定期进行内部审计：制定内部审计计划，定期对质量管理体系的运行情况进行审计，发现并及时纠正问题。

4. 强化供应商管理：对供应商进行严格的评估和监督，确保其产品和服务符合质量要求，并建立长期合作关系。

5. 收集和分析客户反馈：建立客户反馈机制，定期收集和分析客户意见和建议，针对客户需求进行持续改进。

6. 及时采取纠正措施和预防措施：当发现不合格项时，及时采取纠正措施和预防措施，防止问题再次发生。

7. 定期审查和更新质量管理体系：随着市场和技术的变化，定期审查和更新质量管理体系，确保其适应性和有效性。

8. 建立质量文化：鼓励全员参与质量管理，培养员工的质量意识，形成质量至上的企业文化。

通过以上措施，可以有效地减少ISO9001认证审核中的不合格项，提高质量管理体系的运行效果，为企业赢得更多的信任和市场份额。